وبعده جعل الخلافة شورى بين ستة من الصحابة بين عثمان بن عفان وعلي بن أبي طالب وطلحة بن عبيد الله والزبير بن العوام وسعد بن أبي وقاص وعبد الرحمن بن عوف فتشاور هؤلاء الصحابة؛ تشاور هؤلاء الستة فاتفقت كلمتهم على أن يولوا عثمان الخلافة، وتمت الخلافة لعثمان وبقي اثني عشر سنة، ثم انتقده كثير من أهل العراق ومن أهل مصر واتهموه بأنه خالف سيرة الخليفتين قبله، وثاروا عليه فقتلوه، واتهم أهل الشام عليا أنه من جملة الذين قتلوه؛ مع أنه ما تتدخل فيه؛ بل أراد أن يرد عنه؛ ولكن عثمان رضي الله عنه منع أحدا أن ينتصر له، وهذا قضاء الله تعالى.